Tobias não consegue dissuadir seus companheiros de partido ,que ,em Sorocaba,preparavam-se para a revolução.Alguns dias depois chega á cidade o senador Padre Diogo António Feijó,acompanhado de um tipógrafo,Hércules Florence que trás consigo uma tipografia portátil,e uma impressora onde ambos editaram 05 números do primeiro jornal do interior "O PAULISTA"quatro destes foram para divulgar os actos do governo e o quinto foi apreendido ainda na gráfica.Depois de presenciar a derrota ,no caso inevitável,no caso em que se seguiria o massacre dos prisioneira,Rafael Tobias que se encontrava em São Paulo ,retorna a Sorocaba, casa-se com a marquesa de Santos,e coloca toda a família em segurança no convento de Santa Clara, sua esposa seus filhos ,sua mãe e irmãs sob a guarda das monjas,e foge para o sul do Brasil.Os canhões colocados diante da ponte do rio Sorocaba,para defender a cidade assistem em silencio a passagem das tropas,do Barão de Caxias,que chega á Sorocaba em 20 de Junho e se instala no palácio do efémero governo e revolucionario,manda prender o senador Padre António Feijó,unico a permanecer na cidade.Retirando-se para o sul ,Rafael Tobias de Aguiar é preso pelas tropas imperiais em 01 de Dezembro de 1842,em Passo Fundo num lugar chamado Gorita.Conduzido á Porto Alegre,´e preso,levado ao Rio de Janeiro,e encarcerado numa fortaleza da Laje.A Marquesa de Santos, interfere e consegue que seja,transferido para Villegaignon,conseguindo do Imperador Pedro ll viver com ele até a amnistia em 1844.Rafael Tobias de Aguiar foi bem recebido em São Paulo onde continuou sua carreira chefiando a politica ,sendo eleito deputado geral varias veses e indicado sempre para senador,em primeiro lugar ,e em todas as ocasiões D. Pedro ll recusou a nomeá-lo. Voltava do Rio de Janeiro, em umas de suas viagens ,quando se sentiu mal,e regressou a Capital do Império para pedir socorro,medico.Faleceu na entrada da Barra próximo da fortaleza de Laje,em que fora prisioneiro.Seus despojos foram trazidos para São Paulo,foram sepultados no jazido da Ordem Terceira de São Francisco.
